Clicar no menu Estoque -> Entrada de Mercadoria.

Ao ser exibida a tela de consuta de notas fiscais de entrada, clicar com o botão direito do mouse

No menu seguinte clicar na opção Desassociar Item conforme imagem abaixo:

Em seguida será exibida a tela de pesquisa de itens associados que possibilitará a consulta por nome ou código.

Após selecionar o item, pressione a tecla F3 para desassociar.
Será exibida uma pequena dela de confirmação e ao clicar em SIM, a desassociação estará concluída.